一、HLA背景介绍
HLA(Human Leukocyte Antigen,人类白细胞抗原)是人类的主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex, MHC)表达的产物,其编码的分子参与抗原递呈,制约细胞间相互识别及诱导免疫应答。HLA分为3大类,即经典HLA I类(HLA-A, B, C)、经典HLA II类(HLA-DP, DQ, DR)以及非经典HLA类。
HLA分子是人类多样性最高的一组基因。其在人类个体中存在大量的多态性,以保证人类种群对各种病原体的广泛适应性和抵抗力。HLA基因的继承与表达关乎到我们健康相关的方方面面。某些HLA等位基因参与甚至导致自身免疫性疾病、过敏性疾病、感染类疾病、代谢性疾病等几乎所有复杂疾病的发生、发展。例如,银屑病与HLA-C*06:02,1型糖尿病与HLA-DQ2和HLA-DQ8,强直性脊柱炎和HLA-B27,类风湿关节炎与HLA-DR4,系统性红斑狼疮与HLA-DR3。
在免疫治疗领域的科研工作者们可能更加关注HLA基因在治疗中所扮演的角色。 一位病人的HLA分型不但影响Ta接受免疫治疗的成功率;其HLA分型也决定Ta能不能采用一些高度个性化的细胞或抗体治疗,比如TCR-T疗法和TCRm-ADC等。因此在T细胞免疫的科学研究,和相关药物研发中,供体的HLA基因型也是必须要了解的信息。
二、HLA命名规则
HLA基因的命名规则是HLA-基因名*血清学分型大类:蛋白大类:外显子同义突变:内含子和UTR突变。例如,HLA-A*01:01:01:01 和 HLA-A*01:01:02 所表达的蛋白完全一致,但是编码蛋白的外显子有同义突变。通常情况下在骨髓配型或者基因治疗的领域,对于HLA分型的精确程度要求为4或6位(每一个数字记为1位),上述2个基因记为HLA-A*01:01:01和HLA-A*01:01:02 或者都属于HLA-A*01:01。另有一些基因型含有字母,如N,S等,其代表不同含义。 如N代表编码框移码,该基因无法表达完整HLA蛋白。再如S表示,该HLA会以分泌,而不是膜蛋白的方式进行表达。
三、HLA多态性检测方法
目前主流检测HLA 分型的有3种方法
1.基于一代Sanger测序的SBT分型法:
Sanger测序法是当代研究者认为的金标准。 方法是对HLA基因进行特异性扩增并采用一代测序分析其结果。该方法的优点是高度准确。其准确性源于Sanger测序法本身99.99%的准确率。在需要检测同一个的样本的多个HLA分型时,工作量大,成本高。
2.基于二代测序的NGS法:
NGS分型法同样是基于对目标基因的富集,扩增和测序,采用算法进行拼接和比对。其优势在于扩增目标HLA基因后,进行NGS建库。多位点的分型工作被简化,检测多个位点成本低廉。
3.基于三代测序的分型法:
该技术目前受限于三代测序技术本身的成本问题,普及率较低。
四、技术路线及价格
1.方法流程
2.检测范围
虎贲生物同时拥有高效的NGS二代分型技术,测序精度高达6位,有特别的科研需求可以精确到8位。通过同时拥有一代和二代分型法交叉验证,可以保证极高的分型检测准确率。
现提供基于NGS和SBT法的HLA分型服务。NGS法涵盖可以涵盖 HLA-A, B, C, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1, DPA1, DRB3,4,5 等11 位点。 SBT法涵盖HLA-A, B, C, DRB1, DQB1, DPB1等6位点。